La chute de Montségur est un coup très dur pour les Cathares, mais elle ne marque pas la fin de l’hérésie. D’ailleurs Montségur n’est pas leur dernier refuge ; c’est Quéribus, ce nid d’aigle situé sur un éperon rocheux qui domine la plaine à une hauteur impressionnante, assiégé et pris en 1255 par le sénéchal de Carcassonne Pierre d’Auteuil à son propriétaire Chabert de Barbaira.

Pendant des années encore, les Cathares continuent de pratiquer leur culte et font de l’apostolat, mais cela dans la plus grande clandestinité, car l’Inquisition n’a pas relâché son emprise et les tribunaux condamnent à tour de bras. La plupart des Parfaits ou des croyants hérétiques se sont exilés : certains en Catalogne, le plus grand nombre en Italie .On trouve en Lombardie de véritables colonies d’hérétiques languedociens ; l’un d’entre eux, Pierre Authier, parti en Italie en 1296, revient en 1300 dans le Comté de Foix avec la ferme volonté d’y combattre Rome et de ressusciter l’Église cathare. Pendant onze ans, il parcourt le pays de nuit et de jour, prêchant en tous lieux, et tenant en échec la police de l’Inquisition. Il finit pourtant par être capturé et brûlé en Avril 1311. Son frère, son fils et ses disciples montent aussi sur le bûcher.

Leur disparition marque vraiment la fin du Catharisme.

Raymond VII poursuit quelques années encore les deux tâches qu’il s’était fixées : " déchirer " le Traité de Paris et inhumer son père en terre sainte. Mais ni l’une ni l’autre ne seront couronnées de succès. Il finira par s’incliner et accepter le fait accompli, précédé en cela par le jeune Vicomte Trencavel. Dans les dernières années de sa vie, il mettra même un zèle certain à pourchasser les hérétiques dans ses domaines et se préparera à partir en terre sainte, rejoindre la croisade de Saint-Louis. Mais il mourra avant que les préparatifs ne soient terminés, en Septembre 1249 et sera enterré selon son désir, à l’abbaye de Fontevrault, à côté de sa mère. Ses vassaux, son peuple, montreront beaucoup d’affliction et lui rendront un hommage sincère et émouvant. Alphonse de Poitiers devenait le nouveau Comte de Toulouse,. Alphonse et Jeanne, de retour de la croisade, font leur entrée solennelle à Toulouse le 23 Mai 1251, mais ne s’attardent pas dans le Midi, leur présence étant nécessaire à Paris, auprès du roi. Ils ne reparaissent à Toulouse qu’en 1270, rejoignant l’expédition de Tunis qui sera décimée par la peste. Épargnés par la contagion, ils veulent rentrer en France, mais ils meurent en cours de route, à trois jours d’intervalle. Avec Alphonse disparaît le dernier Comte de Toulouse, et le Languedoc tout entier est réuni au domaine royal.